Le staphylocoque doré résistant à la méticilline (ou MRSA), bactérie responsable d’infections principalement acquises au sein de l’hôpital, est un problème majeur dans les institutions de soins aigus.
Le staphylocoque doré résistant à la méticilline (ou MRSA), bactérie responsable d’infections principalement acquises au sein de l’hôpital, est un problème majeur dans les institutions de soins aigus. Le CHUV a dû faire face entre 2008 et 2012 à une flambée de MRSA impliquant plus de 1600 patients. Le Dr Dominique Blanc, responsable du laboratoire d’épidémiologie au Service de médecine préventive hospitalière du CHUV, a traqué l’origine des bactéries actives pendant cette période grâce au séquençage de leur génome. Les résultats de son étude viennent d’être publiés dans mBio, la revue de la société américaine de microbiologie.
Le succès de la prévention des infections à ce pathogène dépend des programmes de contrôle de l’infection mis en place dans les institutions de soins. Comprendre son épidémiologie est pour cela d’une importance vitale. Il s’agit notamment de comprendre pourquoi et comment les MRSA se transmettent de patient à patient, quels sont les facteurs associés à cette transmission et quel rôle joue la biologie et la génétique de la bactérie elle-même.
Les méthodes actuelles de typage moléculaire (sorte d’empreintes digitales des bactéries) des MRSA ne sont pas assez précises pour pouvoir suivre l’évolution de la transmission de patient à patient. Avec les progrès dans la technologie du séquençage (ce qu’on appelle les technologies de “next generation sequencing”), il est possible d’obtenir la séquence complète du génome d’un grand nombre de bactéries pour un prix abordable et d’établir une typologie des souches de MRSA.
Le Dr Dominique Blanc a procédé avec son équipe au séquençage de 237 souches de MRSA isolées entre 2008 et 2012 au CHUV. Ces analyses, comparées avec les données épidémiologiques des patients, ont permis de démontrer que la flambée de MRSA observée au CHUV pendant cette période était due principalement à la transmission d’un seul clone au sein de l’hôpital, comportant des éléments génétiques adaptés à l’environnement hospitalier. Il n’y aurait pas eu d’introduction itérative de cette bactérie par le biais de transferts de patients en provenance d’autres hôpitaux. Le fait que la majorité des patients étaient porteurs de cette bactérie sans qu’une infection ne se soit déclarée, ainsi que les changements fréquents de chambre des patients au sein de l’hôpital expliquent en partie pourquoi cette flambée épidémique a pu se maintenir si longtemps.
Les résultats obtenus ont permis d’adapter les programmes de prévention. Notamment, une intensification des dépistages des patients hospitalisés a permis de détecter plus précocement ceux qui étaient porteurs de MRSA.
Pour mieux comprendre la dissémination des souches de MRSA, l’équipe du Dr Blanc poursuit sa recherche et va procéder au séquençage de quelques 250 autres souches de MRSA dans les cantons de Vaud et Genève et dans différents pays d’Europe. Cette étude doit notamment permettre de connaître l’évolution de ce clone au niveau Européen. Est-il constamment transféré d’un hôpital à l’autre à cause de la mobilité des personnes (voyages, migrants) ou, au contraire, une fois dans un hôpital il s’y installe. D’autre part, l’analyse des composants génétiques de toutes ces souches devrait permettre de découvrir si des mutations importantes (comme des résistances aux antibiotiques) ont eu lieu au cours de son évolution et qui auraient contribués à sa dissémination dans les hôpitaux.
Lien vers l’article: http://mbio.asm.org/content/7/1/e02039-15.abstract?etoc
Source: CHUV