Une étude menée par l’Université de Berne et l’Inselspital apporte un nouvel éclairage sur la transplantation de microbiote fécal. Utilisée avec succès contre les infections récidivantes à Clostridioides difficile, cette approche reste beaucoup moins prévisible dans d’autres maladies, comme les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. Les chercheurs montrent désormais que la clé ne réside pas dans la quantité de « bonnes » bactéries transférées, ni dans la diversité globale du microbiote, mais dans l’implantation durable de certaines souches précises.
L’équipe a analysé le microbiome de 13 paires donneur-receveur grâce à des méthodes génétiques fines. À l’échelle des espèces, une transplantation peut sembler réussie, car de nombreuses bactéries du donneur apparaissent chez le receveur. Mais lorsqu’on observe les souches, c’est-à-dire les sous-groupes précis au sein d’une même espèce, l’image change : seules quelques-unes parviennent réellement à s’installer à long terme.
Les chercheurs décrivent l’intestin comme un filtre très sélectif. Certaines bactéries fréquentes semblent coloniser facilement au départ, mais disparaissent ensuite. À l’inverse, des souches plus rares et spécialisées s’implantent plus durablement. Chez les patients dont l’état s’améliorait, le facteur déterminant était la capacité de nouvelles souches du donneur à remplacer certaines souches existantes.
Ces résultats pourraient transformer les futures thérapies du microbiome. Plutôt que de miser sur des selles riches et diversifiées, il faudra peut-être sélectionner des souches compatibles, capables de coloniser durablement l’écosystème intestinal.