Trois entités ont été mises en place, et le pouvoir a été redistribué, dans la droite ligne des recommandations émises par le médiateur et les audits. Il s’agit du conseil des financeurs, en anglais le Stakeholder Board (SB), l’organe suprême et stratégique du HBP, qui se trouve au-dessus de la deuxième entité, la Direction (Directorate), qui elle-même a autorité sur le Conseil de la science et des infrastructures (Science and Infrastructure Board, SIB).
La Direction s’occupe de la gestion du projet et garde à sa tête Philippe Gillet, vice-président de l’EPFL.